Mapowanie mutacji genetycznych w raku skóry

Naukowcy z Północnej Karoliny w USA
przeprowadzili badania, które miały na celu lepsze zrozumienie zmian
genetycznych w czerniaku złośliwym – najbardziej niebezpiecznym nowotworze
skóry o bardzo słabej prognozie. Badania pozwoliły na uporządkowanie molekularnych
podgrup pacjentów, którzy mogą uzyskać korzyści z leczenia opartego na genetyce
guza nowotworowego, które także wspomaga system immunologiczny do walki z
rakiem.

Naukowcy już od wielu lat próbują uzyskać kompletny atlas genetycznych i
epigenetycznych zmian, które zachodzą w różnych nowotworach, w tym: w
czerniaku. Skompletowano w tym celu próbki pobrane od 331 pacjentów i następnie
przy pomocy kilku metod dokończono badanie, które było jednym z największych
tego typu badań nad czerniakiem. Wyniki opublikowano w czasopiśmie Cell.

Badania te wyjaśniły cześć wieloletnich klinicznych obserwacji, które
nie były całkowicie zrozumiałe, zwłaszcza jeśli chodzi o III stadium czerniaka.
Taka genetyczna mapa czerniaka może być świetnym wsparciem w prognozowaniu
choroby oraz w podejmowaniu decyzji odnośnie leczenia.

W przeprowadzonych badaniach naukowcy podzielili pacjentów na 3 podgrupy
genetyczne, które oparte były na mutacjach. Dwie podgrupy zostały zdefiniowane
na podstawie dobrze już poznanych mutacji, które często występują w
nowotworach: genu BRAF i RAS. Z pacjentów, którzy nie posiadali żadnej z tych
mutacji wyłoniła się nowa podgrupa. Wyróżniała się ona mutacjami, które
inaktywowały gen NF1. Ci pacjenci stanowili około 14% wszystkich pacjentów i
byli oni w zdecydowanie starszej grupie wiekowej, zaś ich nowotwory posiadały
znacznie więcej mutacji. Badacze mają nadzieję, że badania te otworzą drogę do
nowych terapii dla pacjentów z tej podgrupy.

Czwarta podgrupa nie posiadała mutacji w BRAF, RAS i NF1. Nowotwory z
tej podgrupy posiadały niewiele mutacji, ale pojawiały się w nich rzadko
występujące mutacje tj. w genie cKIT oraz duże zmiany w ilości kopii genów ,
które włączały lub wyłączały ich funkcje. Znaczna większość pacjentów posiadała
mutacje spowodowane promieniowaniem UV.

Przeprowadzone badania pomogły także zrozumieć naukowcom, jak ważna jest
odpowiedź układu immunologicznego w przypadku czerniaka.  Analizy ekspresji RNA pokazały, że 51%
pacjentów wykazuje wysoki poziom ekspresji genów charakterystycznych dla
podtypów komórek układu odpornościowego. Analizy potwierdziły, że geny te
pochodziły od komórek odpornościowych naciekających komórki czerniaka. Pacjenci
z okolicznymi  przerzutami, którzy
posiadali silną ekspresję genów odpowiedzi immunologicznej  mieli zdecydowanie wyższe szanse na
przeżycie, niż pacjenci z niskim poziomem tych genów. Wyniki pokazują, że
bardzo ważnym elementem leczenia nowotworów jest immunoterapia.

Analizy RNA pozwoliły także na wyodrębnienie innej grupy pacjentów – z
regionalnymi przerzutami, którzy mieli bardzo słabą prognozę. Grupa ta
wykazywała wysoka ekspresję genów powiązanych z pigmentacją i keratyna, które
występują w skórze w komórkach nabłonkowych.

Wyniki tych badan pokazują, że diagnostyka genetyczna nowotworów powinna
być kompleksowa i nie powinna opierać się tylko na jednym, wybranym genie.